Comenzó jugando en Uruguay en Basáñez en 1995, donde debutó en primera el 1 de marzo frente a Danubio en jardines. 1-1 jugo 76' En 1998 fue transferido a Peñarol donde consiguió un campeonato uruguayo, para después dar el salto a Europa fichando por el Deportivo de la Coruña. de España, durante dos temporadas . Fue cedido al Mallorca con el que ganó la Copa del Rey.
La temporada siguiente volvió al Deportivo, aunque debido a las diferencias con el club y su entrenador, se fue a Inglaterra a jugar cedido en Birmingham City durante la segunda mitad de la temporada 2004-05 para ser fichado por el club una vez finalizada la misma. Luego de un año volvió a España, esta vez fichando por el Español donde ganó una vez más la Copa del Rey y logró un subcampeonato en la Copa de la UEFA, edición en la que logró ser el máximo goleador.
En julio de 2007 fichó por Osasuna, donde permaneció hasta 2011, cuando volvió al Espanyol durante un año. En agosto de 2012 fue fichado por el Villarreal donde permaneció por media temporada, antes de fichar en enero de 2013 por el Atlético Baleares de Palma de Mallorca junto con su hijo mayor Nicolas.
La temporada siguiente la militó en las filas de Miramar Misiones también junto a su hijo.En octubre de 2013, regresó a Uruguay y firmó para el club de Primera División Miramar Misiones. Pandiani anotó tres veces en los seis partidos restantes del Apertura 2013–14, ya que su equipo terminó casi al final, y jugó regularmente durante el Clausura, pero anotó solo el doble al repetir su final anterior, lo que contribuyó a su descenso.
Pandiani jugó la temporada 2015-2016 en las filas del Lausanne-Sport, club suizo que consigue subir a primera división en 2016 y ser el goleador mas Veterano de la historia del Futbol Suizo. Record que tenia el Argentino Walter Samuel.
El 16 de junio de 2016, Pandiani anuncia que cuelga las botas.
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