Juan Mercier se inició futbolísticamente como delantero en Campana Juniors, un equipo de su ciudad natal; luego, pasó a las divisiones inferiores de Villa Dálmine, también de la ciudad de Campana. Hacia finales de la década de 1990, y ante la ausencia de recursos económicos, Mercier debió dejar el fútbol y comenzó a trabajar como albañil,1 junto a sus cuñados. En una entrevista, Mercier afirmó que "no tenía idea, pero necesitaba la plata. Hombreaba bolsas de 50 kilos, había dejado una cancha fija como el Baty en Maracana".
A pesar de haberse retirado, Mercier recibió una oferta del Club Social y Deportivo Flandria, que militaba en la Primera "B" Metropolitana, la cual aceptó. Comenzó jugando en la cuarta división del equipo de J. M. Jáuregui, alcanzando un lugar entre los titulares.
Debutó el 7 de octubre de 2000, a la edad de veinte años, ante Deportivo Español; el equipo estaba bajo la dirección técnica de la dupla Tamasi - Silva, e ingresó por Fabián Menseguez, cuando faltaban tres minutos para la finalización del partido.
En las dos temporadas que jugó en el equipo de Jáuregui, Mercier disputó cincuenta y siete partidos, marcando cinco goles.4 Dejó Flandria en 2002, siendo fichado por el Deportivo Morón.
Tras su salida de Flandria en el 2002, fue transferido a Deportivo Morón en donde jugó hasta el 2004 habiendo disputado 78 partidos y marcando 4 goles.
Ese mismo año, Tristán Suárez, lo compraría para disputar la temporada 2004/2005 en donde jugaría 38 partidos y marcaría 3 goles.
El último club del ascenso sería el Club Atlético Platense al cual llegaría en el 2005 y jugaría hasta la finalización de la temporada 2006/2007. En su primer temporada con el club, consiguió el ascenso al Nacional B, en su estadía de dos años en el club de Saavedra, disputó 73 partidos y consiguió marcar 6 goles.
Argentinos Juniors
El 4 de agosto del 2007, bajo la dirección de Ricardo Caruso Lombardi, debutó en la primera de Argentinos Juniors. En el club de La Paternal se afianzó como titular, jugando casi 100 partidos por torneos locales, y 10 por copas internacionales. Salió Campeón con Argentinos Juniors en el Torneo Clausura 2010, anotando el primer gol en el último encuentro frente a Huracán cuando Argentinos sale Campeón, derrotando al "globo" 2 - 1.
En julio del 2011 fue transferido por 1 millón de dólares, al Al-Nassr de Arabia Saudita en donde disputó solo 10 partidos. A los seis meses fue transferido al Al Wasl de los Emiratos Árabes Unidos, bajo el mando del argentino Diego Armando Maradona, en donde disputo 9 partidos y no convirtió goles, estuvo solo hasta junio del 2012, al igual que su DT.
El 20 de julio de 2012 se concretó su transferencia al Club Atlético San Lorenzo de Almagro por un año y con opción de compra. Al arribar a San Lorenzo Mercier, no tuvo muy buenas participaciones en el elenco azulgrana , esto era debido a que no estaba al 100% en lo físico.
Pero con el pasar del tiempo, Mercier, se logró poner a punto para ganarse un lugar y convertirse en una pieza fundamental para el equipo, y con la llegada de Juan Antonio Pizzi ganó más rodaje.
Mercier, gracias a sus grandes actuaciones se ha llevado más de una vez los aplausos de la hinchada azulgrana y al terminarse el Torneo Final 2013, fue el primero que renovó su contrato con el club. Juega de 5 en el mediocampo y fue habitualmente titular en el equipo de Edgardo Bauza.
Tras esto, Mercier, al igual que todo el plantel de San Lorenzo se preparó en una intensa pretemporada para afrontar la triple competencia que tenía el club de Boedo (Copa Argentina, Copa Sudamericana y Torneo Inicial). A lo largo del segundo semestre del 2013 fue titular en casi todos los partidos considerado como una pieza fundamental del equipo y disputó todos los partidos importantes destacándose por su gran rendimiento. A pesar de que San Lorenzo cayó en 2 de las 3 competencias que participó, Mercier junto con Ignacio Piatti, Sebastián Torrico, Leandro Romagnoli, entre otros, fueron las figuras del equipo que saldría campeón del Torneo Inicial 2013.
El 23 de julio del 2014 se jugó la semifinal de ida de la Copa Libertadores 2014 frente al Bolivar, partido en el cual Mercier, no sólo fue la figura, sino que también consiguió anotar su primer gol con la casaca Azulgrana en una actuación descollante del equipo de Boedo, venciendo a su par de Bolivia por 5 goles a 0.5
El 13 de agosto de 2014 logró ganar con San Lorenzo la Copa Libertadores de América, siendo una de las figuras principales del equipo. Es hasta el momento el logro más importante de su carrera.
El 5 de junio de 2015, Mercier ganó el Premio Jorge Newbery. El futbolista de San Lorenzo superó en la terna a Marcelo Barovero y Patricio Toranzo y se alzó con la estatuilla al mejor jugador masculino del 2014.6
El 19 de junio se confirma que jugará en Atlético Tucumán, a prestamo por 1 año.
2000–2002 Flandria 57 (5)
2002–2004 Deportivo Morón 78 (4)
2004–2005 Tristán Suárez 38 (3)
2005–2007 Platense 73 (6)
2007–2011 Argentinos Juniors 120 (5)
2011–2012 Al Nassr 10 (0)
2012 Al Wasl 9 (0)
2012– San Lorenzo 84 (1).
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