Francisco Fonseca hizo su debut en la Primera División con los Reboceros de La Piedad bajo la dirección técnica de Alberto Guerra el 22 de julio del 2001 en un partido frente al Club Deportivo Guadalajara, que terminó 1-1 en el Estadio Jalisco en la temporada de Invierno 2001. Con este equipo, Francisco Fonseca disputó 28 partidos y no marcó goles, luego fue transferido a Pumas UNAM.
Después de dos temporadas con Reboceros de la Piedad, en el que jugó principalmente como sustituto, Fonseca fue fichado por los Pumas UNAM. Tras su impresionante demostración en el Apertura 2003 y el Clausura 2003, Fonseca consolidó su lugar en los Pumas en el Torneo Clausura 2004, en el que ayudó a Pumas UNAM a conseguir un campeonato.
Después de ayudar a Pumas a conseguir un segundo título en el Torneo Apertura 2004, fue transferido al Cruz Azul, después de haber registrado 24 goles en 81 partidos con los Pumas.
A principios del año 2005, Fonseca se trasladó al Cruz Azul en una de las mayores transferencias en la historia de la Liga Mexicana.
En Cruz Azul, fue también un actor importante, jugó 48 partidos y marcó 25 goles, ayudando a Cruz Azul a llegar a las semifinales de la liguilla en el Torneo Clausura 2005.
Después de la Copa del Mundo, el 27 de julio de 2006, Fonseca firmó un contrato de cuatro años con el equipo portugués SL Benfica, pero solo estuvo en el equipo durante una temporada, marcando 3 goles con el equipo. A pesar de jugar sólo 8 partidos de Liga y anotar 1 gol también jugó en 3 partidos de copa anotando 2 goles en Portugal, a los aficionados del SL Benfica les gustó la actitud de Francisco Fonseca y su personalidad carismática.
Su primer gol con el SL Benfica fue el 21 de diciembre de 2006, cuando cabeceó un pase de Nuno Gomes contra Belenenses. Fonseca marcó otros dos goles en un partido de la cuarta jornada de la Taça de Portugal entre Oliveira do Bairro SC y el SL Benfica que terminó 5-0 a favor del SL Benfica.
A principios del 2007 se oficializó el regreso de Fonseca al balompié mexicano. Después de media temporada con el SL Benfica, Fonseca fue fichado por Tigres de la UANL como refuerzo de cara al Torneo Clausura 2007. El costo del traspaso a los Tigres se estimó en un aproximado de 6 millones de dólares. Con Tigres, Fonseca disputó 109 partidos y marcó solamente 15 goles, teniendo una trayectoria pobre y bastante criticada con este equipo del cual finalmente se anunció su salida en el 2011, para trasladarse al Club de Fútbol Atlante.
Después de haber estado 4 años con Tigres de la UANL, se oficializó que Francisco Fonseca sería el nuevo refuerzo del Club de Fútbol Atlante para el torneo Apertura 2011. El aspecto deportivo fue la prioridad que vio Fonseca para irse al Atlante ya que estaba dejando de tener participación con Tigres, según dijo el presidente ejecutivo del Club de Fútbol Atlante, José Antonio García, quien explicó que el delantero le pidió al técnico, Miguel Herrera llevarlo al equipo azulgrana. Fonseca jugó 74 partidos y marcó 11 goles con la playera del Club de Fútbol Atlante.
Para el Clausura 2014 fue puesto transferible por su club y el 4 de enero de 2014 se confirmó su traspaso al Santos de Guapiles de la Primera División de Costa Rica junto a su compatriota Antonio Salazar. Sin embargo, el 14 de julio el equipo anunció que el entrenador Enrique Maximiliano Meza no contaría con Fonseca para el Torneo de Invierno.1Al no encontrar equipo, anunció su retiro del fútbol.
1999 Unión de Curtidores 13 (4)
1999–2000 Atlético Yucatán 26 (8)
2000–2002 La Piedad 58 (7)
2002–2004 UNAM 81 (24)
2005–2006 Cruz Azul 48 (25)
2006 Benfica 12 (3)
2007–2010 UANL 109 (15)
2011–2013 Atlante 81 (11)
2014–2015 Santos de Guápiles 6 (0).
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