Empezó jugando para el club SK Dynamo České Budějovice y después de su paso por el FK Viktoria Žižkov jugó con el Slavia Praga, con el cual en el año 1996 obtuvo el título de liga local. En ese mismo año representó a República Checa en la Eurocopa de fútbol en Inglaterra, donde obtuvieron la medalla de plata.
Con este éxito, se le abrieron la puertas para jugar en el equipo inglés del Manchester United, aunque no tuvo mucho éxito en el cuadro principal para luego pasar al Benfica, donde pasó a ser una estrella hasta ser vendido al Lazio, jugando con su compatriota Pavel Nedvěd.
Por asuntos familiares regresó a República Checa.
En el año 2002 jugó para Sparta Praga, obteniendo un par de títulos nacionales. Por problemas con la directiva del club en septiembre de 2005 fue despedido del equipo y cedido al SK České Budějovice de la segunda división checa, club en el que, precisamente, comenzó su carrera profesional.
La primera aparición internacional de Poborský, contra Turquía el 23 de febrero de 1994, fue también el primer partido para el equipo checo después de la partición de Checoslovaquia.
Jugó para su país en la Eurocopa 96, donde fue uno de los jugadores más valiosos de la selección nacional checa e incluso todo el torneo, anotando allí su conocido "Poborský lob", Euro 2000 y Euro 2004, y también estuvo en la escuadra de la nación para la Copa del Mundo 2006, donde sus actuaciones fueron muy inferiores, debido a su edad y contrato con České Budějovice, que jugó "solo" en la 2. Liga Checa.
Después de la Copa Mundial 2006, Poborský se retiró de la competencia internacional.
Tras su retiro del club en 2007, Poborský comenzó a trabajar como líder técnico para el equipo nacional.
1991–1994 České Budějovice 82 (15)
1994–1995 Viktoria Žižkov 28 (10)
1995–1996 Slavia Prague 26 (11)
1996–1998 Manchester United 32 (6)
1998–2000 Benfica 61 (11)
2000–2002 Lazio 46 (5)
2002–2005 Sparta Prague 87 (26)
2005–2007 České Budějovice 26 (10)
Total ...................... 388 (93).
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