Júnior Moraes nació en una familia de deportistas. Su padre era un muy buen jugador de fútbol. Jugó para Flamengo y Santos. Su hermano Bruno también jugó para Santos y Oporto y todavía está en actividad, mientras que su hermana terminó su carrera futbolística debido a una lesión. Su madre fue campeona de tenis paulista.
Santos
Júnior Moraes fue promovido al equipo senior de Santos por el entrenador Vanderlei Luxemburgo a la edad de 18 años. Hizo su debut en el Campeonato Brasileiro en el mismo equipo con Robinho, Diego, Marcelo y Zago, jugando 15 partidos en la temporada 2007, y Anotando 1 gol en la victoria por 3-0 contra Botafogo.
Moraes marcó otro gol en la primera ronda de la Serie A de 2008, en la victoria por 3-1 ante el Flamengo.
Luego anotó un gol en la final del Campeonato Paulista 2007 entre Santos y São Caetano, ayudando a su lado al título. Este partido fue su última aparición para Santos en el campeonato nacional, después de lo cual fue prestado a Ponte Preta.
Gloria Bistriţa
Júnior Moraes hizo un impresionante debut en la Liga I para Gloria Bistriţa, marcando 10 goles en 17 apariciones. Su buena racha continuó en la primera parte de la temporada 2010-11 de la Liga I, ya que acumuló un total de 18 goles para Gloria Bistriţa en el campeonato rumano.
El 12 de febrero de 2011, Gloria Bistriţa anunció que Júnior Moraes fue vendido al equipo de la Premier League ucraniana Metalurh Donetsk, por una tarifa reportada de € 1.25 millones.
Sin embargo, Moraes nunca jugó un juego para Metalurh antes de reincorporarse al equipo en el verano de 2012.
CSKA Sofía
Antes de la temporada 2011-12, Moraes se unió al búlgaro CSKA Sofía. Hizo su debut en el Grupo A el 12 de septiembre de 2011 en una victoria por 3-0 en casa sobre Lokomotiv Plovdiv, marcando un penal. El 2 de octubre, Moraes anotó dos veces en una victoria por 3-0 sobre Svetkavitsa. Él anotó un hattrick contra Litex Lovech el 19 de mayo. Moraes finalmente terminó la temporada 2011-12 A Group como máximo anotador conjunto con Ivan Stoyanov.
Dynamo Kyiv
El 22 de mayo de 2015, Moraes firmó un contrato de tres años con el Dynamo Kyiv, quien en ese momento había ganado la Liga de Ucrania, que los había clasificado automáticamente para la fase de grupos de la UEFA Champions League. Dado que su contrato con Metalurh expiraba en el verano de 2015, se unió a Dynamo como agente libre. Hizo su debut oficial para Dynamo en la Supercopa de Ucrania contra Shakhtar Donetsk, que Dynamo perdió 0–2, concediendo ambos goles en el tiempo de lesión de la segunda mitad y quedó con 10 hombres. A pesar de la derrota, Moraes fue uno de los mejores jugadores en el campo, ya que tuvo muchas oportunidades, una de las cuales golpeó el travesaño. El 25 de julio de 2015, Moraes anotó su primer gol oficial para Dynamo en el minuto 61 en una victoria por 2-0 contra Olimpik Donetsk en la Premier League ucraniana y fue uno de los mejores jugadores en el campo a pesar del hecho de que su equipo se redujo a 9 hombres en la segunda mitad.
El 16 de septiembre de 2015, Moraes hizo su debut en la UEFA Champions League en un empate 2-2 ante el club portugués FC Porto en la fase de grupos. El 29 de septiembre de 2015, Moraes anotó su primer gol en la UEFA Champions League en el segundo partido de la fase de grupos, anotando el segundo gol en el minuto 50 en una victoria por 0-2 sobre el club israelí Maccabi Tel Aviv. En esa temporada, ayudó al Dynamo a alcanzar el 1/8 de la UEFA Champions League por primera vez en 16 años, siendo eliminado por el Manchester City 1–3 en total, y ganó la Premier League ucraniana.
Shakhtar Donetsk
El 18 de junio de 2018, Moraes firmó un contrato de dos años con el Shakhtar Donetsk después de su contrato con su club anterior y el rival de Shakhtar en la UPL, Dynamo Kyiv, se agotó.
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