Fernando Morientes en el Mónaco 2003/04.

Morientes comenzó su carrera como profesional en el Albacete Balompié con 17 años de edad. Posteriormente fue fichado por el Real Zaragoza en 1995 con el que ya comenzó a destacar dentro de la Liga Española. Pronto llamó la atención del Real Madrid, equipo en el que sentó al mismísimo Davor Suker en su primera temporada, en la que fue el máximo goleador liguero del equipo con 12 tantos. 

Tuvo dos etapas en el club madridista, la primera se extendió desde el verano de 1997 hasta septiembre de 2004 y fue la más brillante de su carrera, llegando a conquistar los títulos más importantes de España y Europa, así como la Copa Intercontinental hasta en 2 ocasiones. 

Ganó 3 Ligas de Campeones (1998, 2000 y 2002), disputando las tres finales como titular y marcando en una de ella, en la del año 2000 disputada en el estadio Saint-Dennis de París contra el Valencia C.F. en la primera de la historia disputada entre dos clubes del mismo país (24.05.2000).

Durante estos años formó junto a Raúl un tándem atacante que pasó a la historia como una de las parejas más letales del club blanco. En el año 2002 el Real Madrid contrató al delantero brasileño Ronaldo, que le apartó de la titularidad. En el último día del mercado de fichajes, un acuerdo entre su club, el Inter de Milán (el equipo de Ronaldo) y el FC Barcelona iba a llevar a Morientes a este último club, a cambio de 20 millones de euros.4​ Sin embargo, este movimiento no se realizó, pues Morientes no aceptó el sueldo que le ofrecía el Barcelona. De este modo, Morientes se quedó en el Madrid.5

Con la llegada de Ronaldo en el año 2002 comenzó el fin de su carrera dentro del club blanco. El entonces '11' del Real Madrid le apartó de la titularidad y el de Sonseca solo diputó 19 partidos de Liga en la temporada 2002-2003, marcando tan solo 5 tantos. El diario El País afirma en un artículo que Morientes no agradaba al presidente del Real Madrid, Florentino Pérez.

​ En el verano de 2003 fue cedido al Mónaco ante la escasa posibilidad de disputar minutos dentro del Real Madrid. En el club galo se convirtió en el Máximo Goleador de la Liga de Campeones 2003-2004, consiguiendo llegar a la final de la misma, que perdería ante el Oporto por 3-0. 

En el camino hacia la final se encontró con el Real Madrid, al que eliminó marcando tanto en el partido de Ida en el Santiago Bernabéu como en el de Vuelta disputado en el Louis II del Principado de Mónaco.

Regresó al Real Madrid en el verano de 2004, con la idea de ganarse un puesto en el equipo. Y aunque disputó encuentros en el comienzo de temporada, la falta de minutos provocó su salida hacia el Liverpool en el mercado de invierno. El cuadro inglés conquistaría la Liga de Campeones seis meses después, aunque este título no figura en el palmarés del delantero al participar en la fase previa y fase de grupos de esa misma temporada con el Real Madrid, lo cual le impidió jugar con el club inglés.

En su etapa en Anfield coincidió con el entrenador Rafael Benítez, quien avaló su fichaje. Disputó 41 partidos de Premier League en los que marcó tan solo 8 goles, así como 10 en Liga de Campeones consiguiendo 3 tantos.

En el verano de 2006 regresó de nuevo a su país fichando por el Valencia. Permaneció en el club 'Che' tres temporadas, en las que disputó 66 encuentros de Liga, marcando 19 tantos. 

En su primera temporada consiguió recuperar el nivel goleador (12 tantos) que había visto mermado en los últimos años como consecuencia de su escasa continuidad dentro de los diferentes clubes por los que pasó.

Se proclama Campeón de la Copa del Rey en 2008, marcando un gol en la misma final.
Morientes, con el Olympique de Marsella siendo sustituido por Brandão en un partido frente al Real Madrid de Champions League

En el año 2009 emprendió su última aventura como futbolista fichando por el Olympique de Marsella, club en el que coincide con Didier Deschamps, quien ya fuera su entrenador en el Mónaco. A pesar de no disponer de la titularidad deseada consiguió conquistar la Liga y Copa francesas.

El 31 de agosto de 2010, anuncia su retirada como jugador de fútbol tras 17 años de carrera, afirmando que rechazó ofertas de Qatar, México, Dubái (Emiratos Árabes Unidos) y del Sporting Lisboa.6

En enero de 2015 anuncia su fichaje por el Deportivo Asociación de Vecinos Santa Ana para jugar en la Primera Regional, y por lo tanto, su vuelta a los terrenos de juego.